configuration\org.eclipse.update\bookmarks.xml

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<bookmarks>
  <!-- eclipse -->
  <site name="Eclipse 3.1" url="http://update.eclipse.org/updates/3.1" web="false" selected="false" local="false"/>
  <site name="heap status" url="http://dev.eclipse.org/viewcvs/index.cgi/%7Echeckout%7E/platform-ui-home/updates" web="false" selected="true" local="false" /> 

  <!-- common -->
  <site name="subclipse" url="http://subclipse.tigris.org/update" web="false" selected="false" local="false"/>
  <site name="quick-junit" url="http://quick-junit.sourceforge.jp/updates/3.1/" web="false" selected="false" local="false" /> 
  <site name="eclipsecolorer" url="http://colorer.sf.net/eclipsecolorer/" web="false" selected="true" local="false"/>

  <!-- php -->
  <site name="jseclipse" url="http://www.interaktonline.com/Products/Eclipse/JSEclipse/Installation-Update/" web="false" selected="false" local="false"/>
  <site name="phpeclipse" url="http://download.pipestone.com/eclipse/updates/" web="false" selected="false" local="false"/>
  
  <!-- ruby -->
  <site name="ruby" url="http://rubyeclipse.sf.net/updatesite" web="false" selected="false" local="false"/>
  <site name="radrails" url="http://www.radrails.org/update/" web="false" selected="false" local="false"/>

</bookmarks>

が私の使っている eclipse3.1.1のupdateサイトのデフォルト設定。